Uniunea Bisericilor Creştinilor Credinţei Evangelice îşi formează cadrele sale prin diferite programe educative şi sisteme de învăţământ. În UBCCE există Seminarul Teologic Penticostal, care oferă educaţie teologică la nivelul academic de bacalaureat în slujirea creştină, care îşi are filialele sale în or. Chişinău şi or. Bălţi. Pentru pregătirea predicatorilor şi evangheliştilor există programe de instruire intensivă, staţionare de o lună în timpul cărora se predă obiectele biblice generale, precum şi fundamentale; teologie tematică şi obiecte de profil ştiinţa despre predicare, incluzând şi partea practică pentru a consolida deprinderile de învăţare. De asemenea, în şcoala Biblică de instruire intensivă din or. Rîbniţa se petrec seminare de scurtă durată în vederea pregătirii învăţătorilor de Şcoală Duminicală pentru Copii (ŞDC), colaboratori de tabere creştine pentru copii (TCC), şi dirijori de cor. Actualmente, se efectuează pregătirile necesare în vederea deschiderii filialei şcolii Biblice de instruire intensivă cu sediul în or. Chişinău. După forma de învăţare se planifică a se folosi seminare în zilele de odihnă, adică 8-9 sesiuni pe an cu durata de trei zile.

În Uniunea BCCE există de asemenea şcoli regionale; în Regiunea de Nord în cadrul Bisericii CCE din loc. Corjeuţi funcţionează şcoala Biblică pentru pregătirea slujitorilor creştini cu programul de studiu prevăzut pentru un an şi în Regiunea Transnistiei este organizată şcoala misionară, pentru ridicarea nivelului teologic al evangheliştilor şi misionarilor, de asemenea cu programul de studiu pentru un an. Uniunea BCCE oferă posibilitatea de a primi studii teologice practic la cel mai înalt nivel de pregătire, inclusiv prin colaborarea cu alte şcoli Biblice, anume prin colaborarea cu Seminarul Teologic Evanghelic din or. Kiev, există posibilitatea de perfecţionare la nivel înalt prin însuşirea programului de magistru în Biblie şi Teologie în varianta staţionară învăţând în or. Kiev sau seminare cu deplasare la Chişinău.

Uniunea BCCE acordă educaţiei duhovniceşti importanţa cuvenită, ca şi sistem de transmitere a cunoştinţelor duhovniceşti, de asemenea ca şi posibilitate excelentă de a forma noi lucrători spirituali contemporani, care primesc învăţătura de la persoane de încredere, ca şi ei la rândul lor să poată să îi înveţe pe alţii. Uniunea BCCE în permanenţă susţin nivelul spiritual-teologic al slujitorilor ordinaţi prin organizarea seminarelor anuale de o săptămână pentru ridicarea nivelului educaţiei teologice la slujitori. În domeniul educaţiei, Uniunea BCCE colaborează cu diferite centre duhovniceşti şi şcoli Biblice, atât din străinătate cât şi cu frăţietatea din CSI şi Baltica. În Colegiul Biblic din Rîbniţa se petrec în fiecare an conferinţe educative, unde se întâlnesc responsabilii de educaţie şi profesorii din diferite regiuni şi diferite şcoli din ţările fostei Uniuni Sovietice. De asemenea, în Germania şi SUA, unde are loc schimbul de experienţă, schimbul de noi programe de învăţământ şi cursuri, prin intermediul cărora se efectuează în permanenţă procesul de ridicare a nivelului academic şi îmbogăţire duhovnicească a profesorilor şcolilor Biblice. Pentru educarea noii generaţii în duh evanghelic în cadrul bisericii Filadelfia din or. Chişinău, Uniunea BCCE a fondat prima şcoală de instruire generală „Elimul Nou”, care şi-a deschis uşile pentru toţi doritorii.